W dzisiejszych czasach coraz większa liczba Japończyków uznaje światopogląd materialistyczny, a większość określa się jako osoby niewierzące i niereligijne (w zależności od badań jest to 60–75%), jednak ponad 90% z nich praktykuje zarówno shintō (obrządek narodzin i małżeństwa), jak i buddyzm, w ramach zasad którego odbywają się ceremonie pogrzebowe. Należy uwzględnić jednak, że praktyki religijne większości Japończyków nie wynikają z ich wiary i religijności, ecz ze względu na tożsamość narodową i silne przywiązanie do tradycji, bowiem dla zdecydowanej większości religia nie odgrywa ważnej roli w ich życiu.
Shintō jest rdzennie japońską religią politeistyczną, a nazwę shintō tłumaczy się jako drogę bóstw. Ów powstały w czasach prehistorycznych system animistycznych wierzeń
ludowych oddaje cześć zamieszkującym wszędzie bóstwom kami i nie ma żadnej doktryny czy filozofii. Jak głosi japoński mit stworzenia świata, cesarz jest potomkiem bogów, a
spośród różnych odmian shintō wiele głosi wiarę w pośmiertną boskość wszystkich ludzi, w związku z czym winni być czczeni przez potomnych.
W okresie Meiji ideologia nacjonalistyczna uczyniła shintō religią państwową, a w szkołach dzieci uczono mitów shintō, które gloryfikowały boskie pochodzenie cesarza i narodu
W dzisiejszych czasach znikomy procent Japończyków uznaje owe wierzenia, niemniej jednak z uwagi na liczne tradycyjne festiwale i uroczystości shintō trwa do tego stopnia, że w święto powitania Nowego Roku 70 milionów ludzi nawiedza sanktuaria i chramy, z których najświętszym jest Wielki Chram Ise. Pochodzący z Indii buddyzm został sprowadzony do Japonii w połowie VI w. przez koreańskich misjonarzy, którzy podobnie jak chrześcijańscy mnisi w Europie, dzięki umiejętności pisania i czytania, mieli niezbędną wiedzę pozwalającą budować świątynie, drogi, miasta oraz tworzyć podwaliny kultury, sztuki, władzy i prawa. Za sprawą wielkiego reformatora, księcia Shōtoku, w 593 r. mahajana jeden z dwóch głównych odłamów buddyzmu stał się religią państwową, aczkolwiek wyznawaną jedynie przez wąską elitę. Z biegiem wieków wpływy nowej wiary wciąż rosły, wyodrębniły się także nowe jego odłamy, takie jak: tendai, założona przez mnicha Saichō (767-822), który dołączył do swej doktryny bóstwa kami; shingon, której twórcą był Kūkai (774-835), a jej podstawę stanowi skomplikowana w swej złożoności filozofia; jōdo, które wprowadził Hōnen (1133-1212), a także stworzone przez jego ucznia Shinrana (1173-1262) jōdo-shinshū opierające się na kulcie Buddy Amidy, inaczej Czystej Ziemi; nichiren-shū to sekta, której twórcą był kapłan Nichiren (1222-1282). Kontynuatorem jego idei jest m.in. świecka organizacja buddyjska o nazwie Sōka Gakkai. Zen to odłam buddyzmu (odpowiednik chińskiego chanu), który na przełomie XII i XIII w. sprowadzili z Chin japońscy mnisi Eisai (1141-1215) i Dōgen (1200-1253). Pierwszy z nich był twórcą sekty rinzai (odpowiednik chińskiej szkoły linji), a drugi sōtō (odpowiednik chińskiej szkoły caodong). Zen odrzuca doktryny oraz wiarę w moc świętych pism i głosi, że droga do oświecenia wiedzie poprzez osobiste wysiłki człowieka, szczególnie zaś wstrzemięźliwość i technikę medytacji zazen. Wymagana od wiernych surowa dyscyplina duchowa i fizyczna, skromność oraz ciężka praca uczyniły zen popularnym wśród rządzącej Japonią przez wieki klasy samurajów, wywierając przy tym głęboki i trwały wpływ na jej kulturę i sztukę.
Konfucjanizm, bardziej system filozoficzno-etyczny niż religia, został stworzony w VI w. p.n.e. przez chińskiego mędrca Konfucjusza. Według niego najistotniejszymi cnotami są: pokora, oszczędność, szczodrość, umiarkowanie, szacunek dla starszych i przestrzeganie tradycji. Około VII w. zasady te stały się fundamentem sprawowania władzy w Japonii, a kiedy wprowadzono siogunat w 1333 r. ich rola wzrosła jeszcze bardziej, gdyż konfucjanizm nakazywał wierność i lojalność wobec władzy, niezależnie od tego, kto w danym czasie ją sprawował. Konfucjanizm przyczynił się także do utrwalenia konformizmu, hierarchii społecznej oraz ie, a więc patriarchatu w rodzinie. Obecnie jego złagodzona forma jest nadal nauczana w szkołach.
Chrześcijaństwo dotarło do Japonii w XVI w. wraz z portugalskimi i hiszpańskimi zakonnikami, z których najsłynniejszym był jezuita Franciszek Ksawery. Nowa wiara zyskała pewną liczbę wyznawców, ale obawiający się europejskiego kolonializmu sioguni zdławili ją i od 1639 do 1868 r. chrześcijaństwo było wyznawane potajemnie. Dla zdecydowanej większości Japończyków religia ta jest wciąż obca i wyznawana jest przez niewielką, 1% mniejszość.
W obowiązującej od 1946 r. nowej konstytucji Japonii istnieje 20 artykuł gwarantujący całkowitą wolność wyznania oraz sumienia, a ustawa rozdzielająca religię od państwa sprawia, że Japonia jest krajem świeckim oraz neutralnym światopoglądowo. Artykuł ten zaznacza, że żadna organizacja o charakterze religijnym nie ma prawa pełnić władzy politycznej, ani nawet pośrednio wywierać na nią wpływu. W państwowych szkołach praktyki religijne są zakazane. Wszelka działalność religijna, osoby duchowne oraz wznoszenie obiektów sakralnych nie jest dotowane z budżetu państwa.